Eretta nel 1503 in tempo di peste in onore di San Sebastiano, di cui si può vedere ancora oggi la statua allocata nella nicchia del prospetto, sui ruderi della preesistente chiesa di San Salvatore. Questo sacro edificio fu iniziato con l’auspicio di Giuliano Gradenico, terzo governatore di Trani per conto della Serenissima Repubblica di Venezia cui la città era stata data in pegno dal re di Napoli fino al saldo dei debiti di guerra.
A ricordo del governatore, rimane oggi un leone in pietra sulla scalinata di accesso e la lunetta con iscrizione apposta sulle mura dell’ex monastero. La facciata si presenta molto movimentata e divisa orizzontalmente in due livelli. Ad alleggerire l’insieme contribuiscono sia la grande finestra al primo livello che il portale. L’interno di forma ottagonale conserva alcune tele d’autore come San Francesco Saverio San Tommaso d’Acquino. In questa chiesa vi risiede la Confraternita di San Giacomo. Detta confraternita passò dalla chiesa di San Giacomo o Santa Maria de Russis, a quella del Carmine e da quella del Carmine in questa di Sant’Agostino con atto regio datato 1776.
